Abstract:
Heme proteins are found in all living organisms, and perform a wide variety of tasks ranging from electron transport, to the oxidation of organic compounds, to the sensing and transport of small molecules. In this work we review the application of classical and quantum-mechanical atomistic simulation tools to the investigation of several relevant issues in heme proteins chemistry: (i) conformational analysis, ligand migration, and solvation effects studied using classical molecular dynamics simulations; (ii) electronic structure and spin state energetics of the active sites explored using quantum-mechanics (QM) methods; (iii) the interaction of heme proteins with small ligands studied through hybrid quantum mechanics-molecular mechanics (QM-MM) techniques; (iv) and finally chemical reactivity and catalysis tackled by a combination of quantum and classical tools. © the Owner Societies.
Registro:
Documento: |
Artículo
|
Título: | Modeling heme proteins using atomistic simulations |
Autor: | Bikiel, D.E.; Boechi, L.; Capece, L.; Crespo, A.; De Biase, P.M.; Di Lella, S.; González Lebrero, M.C.; Martí, M.A.; Nadra, A.D.; Perissinotti, L.L.; Scherlis, D.A.; Estrin, D.A. |
Filiación: | Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física, INQUIMAE-CONICET, Pabellón II, Buenos Aires, (C1428EHA), Argentina Instituto Superior de Investigaciones Biológicas (INSIBIO), CONICET- Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia, Universidad Nacional de Tucumán, Chacabuco 461, San Miguel de Tucuman, (T4000ILI), Argentina
|
Palabras clave: | hemoprotein; ligand; article; chemical model; chemistry; computer simulation; hydrogen bond; protein conformation; quantum theory; Computer Simulation; Hemeproteins; Hydrogen Bonding; Ligands; Models, Chemical; Protein Conformation; Quantum Theory |
Año: | 2006
|
Volumen: | 8
|
Número: | 48
|
Página de inicio: | 5611
|
Página de fin: | 5628
|
DOI: |
http://dx.doi.org/10.1039/b611741b |
Título revista: | Physical Chemistry Chemical Physics
|
Título revista abreviado: | Phys. Chem. Chem. Phys.
|
ISSN: | 14639076
|
CODEN: | PPCPF
|
CAS: | Hemeproteins; Ligands
|
Registro: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/paper/document/paper_14639076_v8_n48_p5611_Bikiel |
Referencias:
- Kundu, S., Trent III, J.T., Hargrove, M.S., (2003) Trends Plant Sci., 8, pp. 387-393
- Simonneaux, G., Bondon, A., (2005) Chem. Rev., 105, pp. 2627-2646
- Shaik, S., Kumar, D., De Visser, S.P., Altun, A., Thiel, W., (2005) Chem. Rev., 105, pp. 2279-2328
- Jain, R., Chan, M.K., (2003) J. Biol. Inorg. Chem., 8, pp. 1-11
- Pearlman, D.A., Case, D.A., Caldwell, J.W., Ross, W.S., Cheatham III, T.E., Debolt, S., Ferguson, D., Kollman, P., (1995) Comput. Phys. Commun., 91, pp. 1-41
- MacKerell Jr., A.D., Bashford, D., Bellott, M., Dunbrack Jr., R.L., Evanseck, J.D., Field, M.J., Fischer, S., Karplus, M., (1998) J. Phys. Chem. B, 102, pp. 3586-3616
- Van Gunsteren, W.F., Berendsen, H.J.C., (1990) Angew. Chem., Int. Ed. Engl., 29, pp. 992-1023
- Laio, A., Parrinello, M., (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 99, pp. 12562-12566
- Andrec, M., Felts, A.K., Gallicchio, E., Levy, R.M., (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 102, pp. 6801-6806
- Park, S., Schulten, K., (2004) J. Chem. Phys., 120, pp. 5946-5961
- Monard, G., Merz Jr., K.M., (1999) Acc. Chem. Res., 32, pp. 904-911
- Ryde, U., (2003) Curr. Opin. Chem. Biol., 7, pp. 136-142
- Friesner, R.A., Guallar, V., (2005) Annu. Rev. Phys. Chem., 56, pp. 389-427
- Elber, R., Karplus, M., (1987) Science, 235, pp. 318-321
- Brooks III, C.L., (1992) J. Mol. Biol., 227, pp. 375-380
- Tirado-Rives, J., Jorgensen, W.L., (1993) Biochemistry, 32, pp. 4175-4184
- Elber, R., Karplus, M., (1990) J. Am. Chem. Soc., 112, pp. 9161-9175
- Kuczera, K., Lambry, J.C., Martin, J.L., Karplus, M., (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 90, pp. 5805-5807
- Ma, J., Huo, S., Straub, J.E., (1997) J. Am. Chem. Soc., 119, pp. 2541-2551
- Kuczera, K., Kuriyan, J., Karplus, M., (1990) J. Mol. Biol., 213, pp. 351-373
- Loncharich, R.J., Brooks, B.R., (1990) J. Mol. Biol., 215, pp. 439-455
- Kiefl, C., Sreerama, N., Haddad, R., Sun, L., Jentzen, W., Lu, Y., Qiu, Y., Woody, R.W., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, pp. 3385-3394
- Henry, E.R., (1993) Biophys. J., 64, pp. 869-885
- Oliveira, A.S.F., Teixeira, V.H., Baptista, A.M., Soares, C.M., (2005) Biophys. J., 89, pp. 3919-3930
- Soares, C.M., Martel, P.J., Mendes, J., Carrondo, M.A., (1998) Biophys. J., 74, pp. 1708-1721
- Bret, C., Roth, M., Nørager, S., Hatchikian, E.C., Field, M.J., (2002) Biophys. J., 83, pp. 3049-3065
- Henry, E.R., Levitt, M., Eaton, W.A., (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 82, pp. 2034-2038
- Vitkup, D., Petsko, G.A., Karplus, M., (1997) Nat. Struct. Biol., 4, pp. 202-208
- Kottalam, J., Case, D.A., (1988) J. Am. Chem. Soc., 110, pp. 7690-7697
- Czerminski, R., Elber, R., (1991) Proteins: Struct., Funct., Genet., 10, pp. 70-80
- Carlson, M.L., Regan, R.M., Gibson, Q.H., (1996) Biochemistry, 35, pp. 1125-1136
- Ludemann, S.K., Lounnas, V., Wade, R.C., (2000) J. Mol. Biol., 303, pp. 797-811
- Bossa, C., Anselmi, M., Roccatano, D., Amadei, A., Vallone, B., Brunori, M., Di Nola, A., (2004) Biophys. J., 86, pp. 3855-3862
- Bossa, C., Amadei, A., Daidone, I., Anselmi, M., Vallone, B., Brunori, M., Nola, A.D., (2005) Biophys. J., 89, pp. 465-474
- Sheu, S.Y., (2005) J. Chem. Phys., 122, pp. 1-7
- Brunori, M., Cutruzzola, F., Savino, C., Travaglini-Allocatelli, C., Vallone, B., Gibson, Q.H., (1999) Biophys. J., 76, pp. 1259-1269
- Hummer, G., Schotte, F., Anfinrud, P.A., (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 101, pp. 15330-15334
- Kalko, S.G., Gelpi, J.L., Fita, I., Orozco, M., (2001) J. Am. Chem. Soc., 123, pp. 9665-9672
- Ludemann, S.K., Lounnas, V., Wade, R.C., (2000) J. Mol. Biol., 303, pp. 813-830
- Banushkina, P., Meuwly, M., (2005) J. Phys. Chem. B, 109, pp. 16911-16917
- Jarzynski, C., (1997) Phys. Rev. Lett., 78, pp. 2690-2693
- Li, W., Liu, H., Scott, E.E., Grater, F., Halpert, J.R., Luo, X., Shen, J., Jiang, H., (2005) Drug Metab. Dispos., 33, pp. 910-919
- Bidon-Chanal, A., Marti, M.A., Crespo, A., Milani, M., Orozco, M., Bolognesi, M., Luque, F.J., Estrin, D.A., (2006) Proteins: Struct., Funct., Bioinform.
- Ouellet, H., Ouellet, Y., Richard, C., Labarre, M., Wittenberg, B., Wittenberg, J., Guertin, M., (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 99, pp. 5902-5907
- Milani, M., Pesce, A., Ouellet, Y., Ascenzi, P., Guertin, M., Bolognesi, M., (2001) EMBO J., 20, pp. 3902-3909
- Mouawad, L., Maréchal, J.D., Perahia, D., (2005) Bioch. Biophys. Acta, 1724, pp. 385-393
- Ramadas, N., Rifkind, J.M., (1999) Biophys. J., 76, pp. 1796-1811
- Mouawad, L., Perahia, D., Robert, C.H., Guilbert, C., (2002) Biophys. J., 82, pp. 3224-3245
- Mouawad, L., Perahia, D., (1996) J. Mol. Biol., 258, pp. 393-410
- Mouawad, L., Perahia, D., (1993) Biopolymers, 33, pp. 599-611
- Perahia, D., Mouawad, L., (1995) Comput. Chem., 19, pp. 241-246
- Falconi, M., Desideri, A., Cupane, A., Leone, M., Ciccotti, G., Peterson, E.S., Friedman, J.M., Ascoli, F., (1998) Biophys. J., 75, pp. 2489-2503
- Zhou, Y., Zhou, H., Karplus, M., (2003) J. Mol. Biol., 326, pp. 593-606
- Persichini, T., Mazzone, V., Polticelli, F., Moreno, S., Venturini, G., Clementi, E., Colasanti, M., (2005) Neurosci. Lett., 384, pp. 254-259
- Lounnas, V., Pettitt, B.M., Phillips Jr., G.N., (1994) Biophys. J., 66, pp. 601-614
- Phillips Jr., G.N., Pettitt, B.M., (1995) Protein Sci., 4, pp. 149-158
- Gu, W., Schoenborn, B.P., (1995) Proteins: Struct., Funct., Genet., 22, pp. 20-26
- Stewart, D.E., Wampler, J.E., (1991) Proteins, 11, pp. 142-152
- Steinbach, P.J., Brooks, B.R., (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 90, pp. 9135-9139
- Smith, J.C., Merzel, F., Bondar, A.N., Tournier, A., Fischer, S., (2004) Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B, 359, pp. 1181-1189
- Gu, W., Garcia, A.E., Schoenborn, B.P., (1996) Basic Life Sci., 64, pp. 289-298
- Makarov, V.A., Feig, M., Andrews, B.K., Pettitt, B.M., (1998) Biophys. J., 75, pp. 150-158
- Makarov, V.A., Andrews, B.K., Smith, P.E., Pettitt, B.M., (2000) Biophys. J., 79, pp. 2966-2974
- Cottone, G., Cordone, L., Ciccotti, G., (2001) Biophys. J., 80, pp. 931-938
- Cottone, G., Giuffrida, S., Ciccotti, G., Cordone, L., (2005) Proteins: Struct., Funct., Gen., 59, pp. 291-302
- Cordone, L., Cottone, G., Giuffrida, S., Palazzo, G., Venturoli, G., Viappiani, C., (2005) Biochim. Biophys. Acta, 1749, pp. 252-281
- Schaad, O., Zhou, H.X., Szabo, A., Eaton, W.A., Henry, E.R., (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 90, pp. 9547-9551
- Meuwly, M., Becker, O.M., Stote, R., Karplus, M., (2002) Biophys. Chem., 98, pp. 183-207
- Nutt, D.R., Meuwly, M., (2006) Biophys. J., 90, pp. 1191-1201
- Loew, G.H., Harris, D.L., (2000) Chem. Rev., 100, pp. 407-419
- Collman, J.P., Hoard, J.L., Kim, N., Lang, G., Reed, C.A., (1975) J. Am. Chem. Soc., 97, pp. 2676-2681
- Lang, G., Spartalian, K., Reed, C.A., Collman, J.P., (1978) J. Chem. Phys., 69, pp. 5424-5427
- Boyd, P.D.W., Buckingham, A.D., McMecking, R.M., Mitra, S., (1979) Inorg. Chem., 18, pp. 3585-3591
- Goff, H., La Mar, G.N., Reed, C.A., (1977) J. Am. Chem. Soc., 99, pp. 3641-3646
- Mispelter, J., Momenteau, M., Lhoste, J.M., (1980) J. Chem. Phys., 72, pp. 1003-1012
- Scheidt, W.R., Reed, C.A., (1981) Chem. Rev., 81, pp. 543-555
- Rovira, C., Kunc, K., Hutter, J., Ballone, P., Parrinello, M., (1997) J. Phys. Chem. A, 101, pp. 8914-8925
- Scherlis, D.A., Estrin, D.A., (2002) Int. J. Quantum Chem., 87, p. 158
- Franzen, S., (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 99, pp. 16754-16759
- Ghosh, A., Taylor, P.R., (2003) Curr. Opin. Chem. Biol., 7, p. 113
- Kozlowski, P.M., Spiro, T.G., Zgierski, M.Z., (2000) J. Phys. Chem. B, 104, pp. 10659-10666
- Liao, M.S., Scheiner, S., (2002) J. Chem. Phys., 116, pp. 3635-3645
- Harvey, J.N., (2004) Struct. Bonding, 112, pp. 151-183
- Deeth, R.J., Fey, N., (2004) J. Comput. Chem., 25, pp. 1840-1848
- Smith, D.M.A., Dupuis, M., Straatsma, T.P., (2005) Mol. Phys., 103, p. 273
- Cococcioni, M., De Gironcoli, S., (2005) Phys. Rev. B, 71, pp. 1-16
- Kullik, H., Cococcioni, M., Scherlis, D.A., Marzari, N., (2006) Phys. Rev. Lett., 97, pp. 103001-103004
- D. A. Scherlis, M. Cococcioni, P. Sit and N. Marzari, to be submitted; Uchida, T., Kitagawa, T., (2005) Acc. Chem. Res., 38, pp. 662-670
- Miller, L.M., Pedraza, A.J., Chance, M.R., (1997) Biochemistry, 36, pp. 12199-12207
- Soler, J.M., Artacho, E., Gale, J.D., García, A., Junquera, J., Ordejón, P., Sánchez-Portal, D., (2002) J. Phys.: Condens. Matter, 14, pp. 2745-2779
- Perdew, J.P., Burke, K., Ernzerhof, M., (1996) Phys. Rev. Lett., 77, pp. 3865-3868
- Crespo, A., Scherlis, D.A., Marti, M.A., Ordejón, P., Roitberg, A.E., Estrin, D.A., (2003) J. Phys. Chem. B, 107, pp. 13728-13736
- Wang, J., Cieplak, P., Kollman, P.A., (2000) J. Comput. Chem., 21, pp. 1049-1074
- Capece, L., Marti, M., Crespo, A., Doctorovich, F., Estrin, D., (2006) J. Am. Chem. Soc., 128, pp. 12455-12461
- Jameson, G.B., Rodley, G.A., Robinson, W.T., Gagne, R.R., Reed, C.A., Collman, J.A., (1978) Inorg. Chem., 17, pp. 850-857
- Crespo, A., Marti, M.A., Kalko, S.G., Morreale, A., Orozco, M., Gelpi, J.L., Luque, F.J., Estrin, D.A., (2005) J. Am. Chem. Soc., 127, pp. 4433-4444
- Rovira, C., Parrinello, M., (2000) Biophys. J., 78, pp. 93-100
- Rovira, C., Schulze, B., Eichinger, M., Evanseck, J.D., Parrinello, M., (2001) Biophys. J., 81, pp. 435-445
- Collman, J.P., Brauman, J.I., Halbert, T.R., Suslick, K.S., (1976) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 73, pp. 3333-3337
- Ghosh, A., Bocian, D.F., (1996) J. Chem. Phys., 100, pp. 6363-6367
- Spiro, T.G., Kozlowski, P.M., (2001) Acc. Chem. Res., 34, pp. 137-144
- Vangberg, T., Bocian, D.F., Ghosh, A., (1997) J. Biol. Inorg. Chem., 2, pp. 526-530
- Spiro, T.G., Wasbotten, I.H., (2005) J. Inorg. Biochem., 99, pp. 34-44
- Phillips Jr., G.N., Teodoro, M.L., Li, T., Smith, B., Olson, J.S., (1999) J. Phys. Chem. B, 103, pp. 8817-8829
- Uno, T., Nishimura, Y., Tsuboi, M., Makino, R., Iizuka, T., Ishimura, Y., (1987) J. Biol. Chem., 262, pp. 4549-4556
- Tsubaki, M., Ichikawa, Y., (1985) Biochim. Biophys. Acta, 827, pp. 268-274
- Vogel, K.M., Kozlowski, P.M., Zgierski, M.Z., Spiro, T.G., (2000) Inorg. Chim. Acta, 297, pp. 11-17
- Ellison, M.K., Schulz, C.E., Scheidt, W.R., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, pp. 13833-13841
- Enemark, J.H., Feltham, R.D., (1974) Coord. Chem. Rev., 13, pp. 339-406
- Linder, D.P., Rodgers, K.R., (2005) Inorg. Chem., 44, pp. 1367-1380
- Scheidt, W.R., Piciulo, P.L., (1976) J. Am. Chem. Soc., 98, pp. 1913-1919
- Laverman, L.E., Ford, P.C., (2001) J. Am. Chem. Soc., 123, pp. 11614-11622
- Denninger, J.W., Marletta, M.A., (1999) Biochem. Biophys. Acta, 1411, pp. 334-350
- Schelvis, J.P.M., Seibold, S.A., Cerda, J.F., Garavito, R.M., Babcock, G.T., (2000) J. Phys. Chem. B, 104, pp. 10844-10850
- Andrew, C.R., Green, E.L., Lawson, D.M., Eady, R.R., (2001) Biochemistry, 40, pp. 4115-4122
- Karow, D.S., Pan, D., Tran, R., Pellicena, P., Presley, A., Mathies, R.A., Marletta, M.A., (2004) Biochemistry, 43, pp. 10203-10211
- Ballou, D.P., Zhao, Y., Brandish, P.E., Marletta, M.A., (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 99, pp. 12097-12101
- Zhao, Y., Brandish, P.E., Ballou, D.P., Marletta, M.A., (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 96, pp. 14753-14758
- Bellamy, T.C., Wood, J., Garthwaite, J., (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 99, pp. 507-510
- Marti, M.A., Capece, L., Crespo, A., Doctorovich, F., Estrin, D.A., (2005) J. Am. Chem. Soc., 127, pp. 7721-7728
- Sharma, V.S., Traylor, T.G., Gardiner, R., Mizukami, H., (1987) Biochemistry, 26, pp. 3837-3843
- Walker, F.A., (2005) J. Inorg. Biochem., 99, pp. 216-236
- Champagne, D.E., Nussenzveig, R.H., Ribeiro, J.M.C., (1995) J. Biol. Chem., 270, pp. 8691-8695
- Weichsel, A., Andersen, J.F., Roberts, S.A., Montfort, W.R., (2000) Nat. Struct. Biol., 7, pp. 551-554
- Wondimagegn, T., Ghosh, A., (2001) J. Am. Chem. Soc., 123, pp. 1543-1544
- Hobbs, A.J., Fukuto, J.M., Ignarro, L.J., (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 91, pp. 10992-10996
- Adak, S., Wang, Q., Stuehr, D.J., (2000) J. Biol. Chem., 275, pp. 17434-17439
- Schmidt, H.H., Hofmann, H., Schindler, U., Shutenko, Z.S., Cunningham, D.D., Feelisch, M., (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 93, pp. 14492-14497
- Pagliaro, P., (2003) Life Sci., 73, pp. 2137-2149
- Wink, D.A., Miranda, K.M., Katori, T., Mancardi, D., Thomas, D.D., Ridnour, L., Espey, M.G., Paolocci, N., (2003) Am. J. Physiol.: Heart Circ. Physiol., 285, pp. 2264-2276
- Pagliaro, P., Mancardi, D., Rastaldo, R., Penna, C., Gattullo, D., Miranda, K.M., Feelisch, M., Paolocci, N., (2003) Free Radical Biol. Med., 34, pp. 33-43
- Paolocci, N., Katori, T., Champion, H.C., St John, M.E., Miranda, K.M., Fukuto, J.M., Wink, D.A., Kass, D.A., (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 100, pp. 5537-5542
- Miranda, K.M., Paolocci, N., Katori, T., Thomas, D.D., Ford, E., Bartberger, M.D., Espey, M.G., Wink, D.A., (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 100, pp. 9196-9201
- Bazylinski, D.A., Hollocher, T.C., (1985) J. Am. Chem. Soc., 107, pp. 7982-7986
- Bazylinski, D.A., Goretski, J., Hollocher, T.C., (1985) J. Am. Chem. Soc., 107, pp. 7986-7989
- Doyle, M.P., Mahapatro, S.N., Broene, R.D., Guy, J.K., (1988) J. Am. Chem. Soc., 110, pp. 593-599
- Miranda, K.M., Nims, R.W., Thomas, D.D., Espey, M.G., Citrin, D., Bartberger, M.D., Paolocci, N., Wink, D.A., (2003) J. Inorg. Biochem., 93, pp. 52-60
- Immoos, C.E., Sulc, F., Farmer, P.J., Czarnecki, K., Bocian, D.F., Levina, A., Aitken, J.B., Lay, P.A., (2005) J. Am. Chem. Soc., 127, pp. 814-815
- Gardner, P.R., Gardner, A.M., Brashear, W.T., Suzuki, T., Hvitved, A.N., Setchell, K.D., Olson, J.S., (2006) J. Inorg. Biochem., 100, pp. 542-550
- Blomberg, L.M., Blomberg, M.R., Siegbahn, P.E., (2004) J. Biol. Inorg. Chem., 9, pp. 923-935
- Ostovic, D., Bruice, T.C., (1992) Acc. Chem. Res., 25, pp. 314-320
- Meunier, B., (1992) Chem. Rev., 92, pp. 1411-1456
- Groves, J.T., Hang, Y.Z., (1995) Cytochrome P450: Structure, Mechanism and Biochemistry, Ed., , P. R. Ortiz de Montellano, Plenum Press, New York, 2nd edn
- Sono, M., Roach, M.P., Coulter, E.D., Dawson, J.H., (1996) Chem. Rev., 96, pp. 2841-2888
- Ortiz De Montellano, P.R., (1998) Acc. Chem. Res., 31, pp. 543-549
- Newcomb, M., Toy, P.H., (2000) Acc. Chem. Res., 33, pp. 449-455
- Groves, J.T., (1985) J. Chem. Educ., 62, pp. 928-931
- Dawson, J.H., (1988) Science, 240, pp. 433-439
- Goldfarb, D., Bernardo, M., Thomann, H., Kroneck, P.M.H., Ullrich, V., (1996) J. Am. Chem. Soc., 118, pp. 2686-2693
- Toy, P.H., Dhanabalasingam, B., Newcomb, M., Hanna, I.H., Hollenberg, P.F., (1997) J. Org. Chem., 62, pp. 9114-9122
- Wertz, D.L., Sisemore, M.F., Selke, M., Driscoll, J., Valentine, J.S., (1998) J. Am. Chem. Soc., 120, pp. 5331-5332
- Toy, P.H., Newcomb, M., Hollenberg, P.F., (1998) J. Am. Chem. Soc., 120, pp. 7719-7729
- Hart-Davis, J., Battioni, P., Boucher, J.L., Mansuy, D., (1998) J. Am. Chem. Soc., 120, pp. 12524-12530
- Gross, Z., Nimri, S., Barzilay, C.M., Simkhovich, L., (1997) J. Biol. Inorg. Chem., 2, pp. 492-506
- Davydov, R., Makris, T.M., Kofman, V., Werst, D.E., Sligar, S.G., Hoffman, B.M., (2001) J. Am. Chem. Soc., 123, pp. 1403-1415
- Groves, J.T., McClusky, G.A., (1976) J. Am. Chem. Soc., 98, pp. 859-861
- Groves, J.T., Van Der Puy, M., (1976) J. Am. Chem. Soc., 98, pp. 5290-5297
- Groves, J.T., Subramanian, D.V., (1984) J. Am. Chem. Soc., 106, pp. 2177-2181
- Harris, D.L., Loew, G.H., (1998) J. Am. Chem. Soc., 120, pp. 8941-8948
- Green, M.T., (1999) J. Am. Chem. Soc., 121, pp. 7939-7940
- Schöneboom, J.C., Lin, H., Reuter, N., Thiel, W., Cohen, S., Ogliaro, F., Shaik, S., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, pp. 8142-8151
- Shaik, S., Filatov, M., Schröder, D., Schwarz, H., (1998) Chem.-Eur. J., 4, pp. 193-199
- Schlichting, I., Berendzen, J., Chu, K., Stock, A.M., Maves, S.A., Benson, D.E., Sweet, R.M., Sligar, S.G., (2000) Science, 287, pp. 1615-1622
- Groves, J.T., Gross, Z., Stern, M.K., (1994) Inorg. Chem., 33, pp. 5065-5072
- Groves, J.T., Watanabe, Y., (1988) J. Am. Chem. Soc., 110, pp. 8443-8452
- Collman, J.P., Brauman, J.I., Hampton, P.D., Tanaka, H., Bohle, D.S., Hembre, R.T., (1990) J. Am. Chem. Soc., 112, pp. 7980-7984
- Schröder, D., Shaik, S., Schwarz, H., (2000) Acc. Chem. Res., 33, pp. 139-145
- Ogliaro, F., De Visser, S.P., Groves, J.T., Shaik, S., (2001) Angew. Chem., Int. Ed., 40, pp. 2874-2878
- Shaik, S., De Visser, S.P., Ogliaro, F., Schwarz, H., Schröder, D., (2002) Curr. Opin. Chem. Biol., 6, pp. 556-567
- Sharma, P.K., De Visser, S.P., Shaik, S., (2003) J. Am. Chem. Soc., 125, pp. 8698-8699
- Harris, N., Cohen, S., Filatov, M., Ogliaro, F., Shaik, S., (2000) Angew. Chem., Int. Ed., 39, pp. 2003-2007
- De Visser, S.P., Ogliaro, F., Sharma, P.K., Shaik, S., (2002) Angew. Chem., Int. Ed., 41, pp. 1947-1951
- Ogliaro, F., Harris, N., Cohen, S., Filatov, M., De Visser, S.P., Shaik, S., (2000) J. Am. Chem. Soc., 122, pp. 8977-8989
- De Visser, S.P., Ogliaro, F., Harris, N., Shaik, S., (2001) J. Am. Chem. Soc., 123, pp. 3037-3047
- Ogliaro, F., De Visser, S.P., Cohen, S., Sharma, P.K., Shaik, S., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, pp. 2806-2817
- Schöneboom, J.C., Cohen, S., Lin, H., Shaik, S., Thiel, W., (2004) J. Am. Chem. Soc., 126, pp. 4017-4034
- Guallar, V., Gherman, B.F., Miller, W.H., Lippard, S.J., Friesner, R.A., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, pp. 3377-3384
- Guallar, V., Baik, M.H., Lippard, S.J., Friesner, R.A., (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 100, pp. 6998-7002
- Guallar, V., Batista, V.S., Miller, W.H., Harris, D.L., (2002) J. Am. Chem. Soc., 124, pp. 1430-1437
- Guallar, V., Friesner, R.A., (2004) J. Am. Chem. Soc., 126, pp. 8501-8508
- Kamachi, T., Yoshizawa, K., (2003) J. Am. Chem. Soc., 125, pp. 4652-4661
- Altun, A., Guallar, V., Friesner, R.A., Shaik, S., Thiel, W., (2006) J. Am. Chem. Soc., 128, pp. 3924-3925
- Matsubara, T., (1970) J. Biochem. (Tokyo), 67, pp. 229-235
- Alefounder, P.R., Ferguson, S.J., (1980) Biochem. J., 192, pp. 231-240
- Hochstein, L.I., Tomlinson, G.A., (1988) Annu. Rev. Microbiol., 42, pp. 231-261
- Reutov, V.P., (2002) Biochemistry (Moscow), 67, pp. 293-311
- Huang, Z., Shiva, S., Kim-Shapiro, D.B., Patel, R.P., Ringwood, L.A., Irby, C.E., Huang, K.T., Gladwin, M.T., (2005) J. Clin. Invest., 115, pp. 2099-2107
- Averill, B.A., Tiedje, J.M., (1982) FEBS Lett., 138, pp. 8-12
- Cutruzzola, F., Brown, K., Wilson, E.K., Bellelli, A., Arese, M., Tegoni, M., Cambillau, C., Brunori, M., (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 98, pp. 2232-2237
- Ranghino, G., Scorza, E., Sjogren, T., Williams, P.A., Ricci, M., Hajdu, J., (2000) Biochemistry, 39, pp. 10958-10966
- Marti, M.A., Crespo, A., Bari, S.E., Doctorovich, F.A., Estrin, D.A., (2004) J. Phys. Chem. B, 108, pp. 18073-18080
- Kamachi, T., Shestakov, A.F., Yoshizawa, K., (2004) J. Am. Chem. Soc., 126, pp. 3672-3673
- Sharma, P.K., Kevorkiants, R., De Visser, S.P., Kumar, D., Shaik, S., (2004) Angew. Chem., Int. Ed., 43, pp. 1129-1132
- Davydov, R., Matsui, T., Fujii, H., Ikeda-Saito, M., Hoffman, B.M., (2003) J. Am. Chem. Soc., 125, pp. 16208-16209
- Park, E.S., Thomas, M.R., Boxer, S.G., (2000) J. Am. Chem. Soc., 122, pp. 12297-12303
- Dalosto, S.D., Vanderkooi, J.M., Sharp, K.A., (2004) J. Phys. Chem. B, 108, pp. 6450-6457
- De Dios, A.C., Earle, E.M., (1997) J. Phys. Chem. A, 101, pp. 8132-8134
- Laberge, M., Vankerkooi, J.M., Sharp, K.A., (1996) J. Phys. Chem., 100, pp. 10793-10801
- Shaik, S., De Visser, S.P., Kumar, D., (2004) J. Am. Chem. Soc., 126, pp. 11746-11749
- Rivas, L., Soares, C.M., Baptista, A.M., Simaan, J., Di Paolo, R.E., Murgida, D.H., Hildebrandt, P., (2005) Biophys. J., 88, pp. 4188-4199
Citas:
---------- APA ----------
Bikiel, D.E., Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M., Di Lella, S., González Lebrero, M.C.,..., Estrin, D.A.
(2006)
. Modeling heme proteins using atomistic simulations. Physical Chemistry Chemical Physics, 8(48), 5611-5628.
http://dx.doi.org/10.1039/b611741b---------- CHICAGO ----------
Bikiel, D.E., Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M., Di Lella, S., et al.
"Modeling heme proteins using atomistic simulations"
. Physical Chemistry Chemical Physics 8, no. 48
(2006) : 5611-5628.
http://dx.doi.org/10.1039/b611741b---------- MLA ----------
Bikiel, D.E., Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M., Di Lella, S., et al.
"Modeling heme proteins using atomistic simulations"
. Physical Chemistry Chemical Physics, vol. 8, no. 48, 2006, pp. 5611-5628.
http://dx.doi.org/10.1039/b611741b---------- VANCOUVER ----------
Bikiel, D.E., Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M., Di Lella, S., et al. Modeling heme proteins using atomistic simulations. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006;8(48):5611-5628.
http://dx.doi.org/10.1039/b611741b