Artículo

Bikiel, D.E.; Boechi, L.; Capece, L.; Crespo, A.; De Biase, P.M.; Di Lella, S.; González Lebrero, M.C.; Martí, M.A.; Nadra, A.D.; Perissinotti, L.L.; Scherlis, D.A.; Estrin, D.A. "Modeling heme proteins using atomistic simulations" (2006) Physical Chemistry Chemical Physics. 8(48):5611-5628
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Abstract:

Heme proteins are found in all living organisms, and perform a wide variety of tasks ranging from electron transport, to the oxidation of organic compounds, to the sensing and transport of small molecules. In this work we review the application of classical and quantum-mechanical atomistic simulation tools to the investigation of several relevant issues in heme proteins chemistry: (i) conformational analysis, ligand migration, and solvation effects studied using classical molecular dynamics simulations; (ii) electronic structure and spin state energetics of the active sites explored using quantum-mechanics (QM) methods; (iii) the interaction of heme proteins with small ligands studied through hybrid quantum mechanics-molecular mechanics (QM-MM) techniques; (iv) and finally chemical reactivity and catalysis tackled by a combination of quantum and classical tools. © the Owner Societies.

Registro:

Documento: Artículo
Título:Modeling heme proteins using atomistic simulations
Autor:Bikiel, D.E.; Boechi, L.; Capece, L.; Crespo, A.; De Biase, P.M.; Di Lella, S.; González Lebrero, M.C.; Martí, M.A.; Nadra, A.D.; Perissinotti, L.L.; Scherlis, D.A.; Estrin, D.A.
Filiación:Departamento de Química Inorgánica, Analítica y Química Física, INQUIMAE-CONICET, Pabellón II, Buenos Aires, (C1428EHA), Argentina
Instituto Superior de Investigaciones Biológicas (INSIBIO), CONICET- Facultad de Bioquímica, Química y Farmacia, Universidad Nacional de Tucumán, Chacabuco 461, San Miguel de Tucuman, (T4000ILI), Argentina
Palabras clave:hemoprotein; ligand; article; chemical model; chemistry; computer simulation; hydrogen bond; protein conformation; quantum theory; Computer Simulation; Hemeproteins; Hydrogen Bonding; Ligands; Models, Chemical; Protein Conformation; Quantum Theory
Año:2006
Volumen:8
Número:48
Página de inicio:5611
Página de fin:5628
DOI: http://dx.doi.org/10.1039/b611741b
Título revista:Physical Chemistry Chemical Physics
Título revista abreviado:Phys. Chem. Chem. Phys.
ISSN:14639076
CODEN:PPCPF
CAS:Hemeproteins; Ligands
Registro:https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/paper/document/paper_14639076_v8_n48_p5611_Bikiel

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Citas:

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Bikiel, D.E., Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M., Di Lella, S., González Lebrero, M.C.,..., Estrin, D.A. (2006) . Modeling heme proteins using atomistic simulations. Physical Chemistry Chemical Physics, 8(48), 5611-5628.
http://dx.doi.org/10.1039/b611741b
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Bikiel, D.E., Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M., Di Lella, S., et al. "Modeling heme proteins using atomistic simulations" . Physical Chemistry Chemical Physics, vol. 8, no. 48, 2006, pp. 5611-5628.
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Bikiel, D.E., Boechi, L., Capece, L., Crespo, A., De Biase, P.M., Di Lella, S., et al. Modeling heme proteins using atomistic simulations. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006;8(48):5611-5628.
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