El Fondo FCEN guarda documentos que dan cuenta de la historia de la Facultad desde su fundación 1874, hasta su cambio de nombre en 1952 y, finalmente, su mudanza definitiva al complejo de Ciudad Universitaria en 1972. Contiene cerca de 290 piezas documentales, 203 fotografías y más 65 planos mayoritariamente de la antigua sede en La Manzana de las Luces, custodiados en su totalidad en la Sala de Preservación de la Biblioteca Central.
Este material fue reunido por Mario Bunge entre 1956 y 2009, y documenta su extraordinario trabajo científico, epistemológico y filosófico. En 2011 decidió donarlo a la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales de la Universidad de Buenos Aires, la cual delegó la guarda e identificación del archivo a la Biblioteca Central Luis Federico Leloir. El archivo posee fichas de trabajo, material didáctico, originales de libros y artículos, pruebas de galera, separatas, correspondencia y notas periodísticas. Buena parte del material está disponible digitalmente. Tiene la particularidad de contar con la participación activa del donante.