Estudio de la traducción a escala genómica y métodos de manipulación genética en el parásito de la Malaria, Plasmodium falciparum

Caro, Florence

Registro:

Documento:	Tesis Doctoral
Disciplina:	biologia
Título:	Estudio de la traducción a escala genómica y métodos de manipulación genética en el parásito de la Malaria, Plasmodium falciparum
Título alternativo:	Genome-scale translation and genetic manipulation of the Malaria parasite Plasmodium falciparum
Autor:	Caro, Florence
Editor:	Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Lugar de trabajo:	University of California San Francisco, USA. Biochemistry Department. DeRisi Laboratory
Publicación en la Web:	2014-10-14
Fecha de defensa:	2012-08-01
Fecha en portada:	2012
Grado Obtenido:	Doctorado
Título Obtenido:	Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Ciencias Biológicas
Departamento Docente:	Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular
Director:	Vázquez, Martín Pablo; DeRisi, Joseph L.
Consejero:	Muschietti, Jorge Prometeo
Jurado:	Coso, Omar Adrián; Ruzal, Sandra M.; Buscaglia, Carlos Andrés
Idioma:	Español
Palabras clave:	TRADUCCION; TRANSCRIPTOMA; TRANSFECCION; PLACAS DE 96 WELLS; ESCALA GENOMICATRANSLATION; TRANSCRIPTOME; TRANSFECTION; 96-WELL PLASTES; WHOLE GENOME SCALE
Tema:	biología/parasitología biología/genética
Formato:	PDF
Handle:	http://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5171_Caro
PDF:	https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/tesis/tesis_n5171_Caro.pdf
Registro:	https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/tesis/document/tesis_n5171_Caro
Ubicación:	BIO 005171
Derechos de Acceso:	Esta obra puede ser leída, grabada y utilizada con fines de estudio, investigación y docencia. Es necesario el reconocimiento de autoría mediante la cita correspondiente. Caro, Florence. (2012). Estudio de la traducción a escala genómica y métodos de manipulación genética en el parásito de la Malaria, Plasmodium falciparum. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales). Recuperado de http://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5171_Caro

Resumen:

Plasmodium falciparum es el parásito que causa la malaria más severa en humanos, enfermedad que afecta mundialmente a 200–300 millones de individuos al año. La descripción del genoma, del transcriptoma y del proteoma son un recurso importante para poder entender la función y la regulación de la expresión génica. En el caso del parásito P. falciparum, el 60% de los genes anotados siguen siendo hipotéticos, debido a la gran distancia evolutiva del parásito respecto de organismos modelo. Por otro lado,la presencia y abundancia de un ARNm no necesariamente se correlaciona con laabundancia de la proteína correspondiente y la cuantificación de estos parámetros son, por lo tanto, representaciones imperfectas de la regulación génica y proteómica subyacente. En esta tesis se establece la conexión entre ARNm y proteína midiendo directamente la traducción a nivel genómico usando la técnica de perfilamiento ribosomal, revelando por primera vez la dinámica de este proceso durante los estadíos intraeritrocíticos del parásito. Los resultados obtenidos demuestran que los procesos de transcripción y traducción están estrechamente acoplados, que el 11% del transcriptoma está regulado traducción almente y que este tipo de regulación juega un rol importante en genes con funciones de egreso e invasión del merozoito. Además, se presenta un conjunto de métodos mejorados para la manipulación genética a escala genómica de P. falciparum. Este conjunto de protocolos puede ser aplicado para la investigación y descubrimiento de la función de los genes del parásito.

Abstract:

Plasmodium falciparum is the causative agent of the most burden some form of human malaria, affecting 200–300 million individuals per year worldwide. For the study of P. falciparum, the description of the genome, the transcriptome and the proteome are a tremendous resource for understanding gene function and gene expression regulation. However, 60% of the annotated genes in the genome remain hypothetical due to the evolutionary distance of this parasite to model organisms, and mRNA and protein abundance measurements remain imperfect representations of the underlying genetic and proteomic regulation, since the presence and abundance of an mRNA species does not necessarily correlate with the abundance of the corresponding protein. The work presented in this thesis bridges this disconnect by measuring whole genome translation, using the ribosome profiling technique, revealing for the first time translation dynamics throughout the asexual intraerythrocytic developmental cycle. The findings show that transcription and translation are tightly coupled in this parasite, that 11% of the transcriptome is translationally regulated, and that this type of regulation plays a major role on genes related to merozoite egress and invasion. Additionally, presented here is an improved set of methods for 96-well plate-based transfection and culture that facilitate genome-scale genetic manipulation of P. falciparum. This set of protocols can be applied to investigation and discovery gene functions in this parasite.

Citación:

---------- APA ----------

Caro, Florence. (2012). Estudio de la traducción a escala genómica y métodos de manipulación genética en el parásito de la Malaria, Plasmodium falciparum. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5171_Caro

---------- CHICAGO ----------

Caro, Florence. "Estudio de la traducción a escala genómica y métodos de manipulación genética en el parásito de la Malaria, Plasmodium falciparum". Tesis Doctoral, Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2012.https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5171_Caro

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