Registro:
| Documento: | Tesis Doctoral |
| Disciplina: | matematica |
| Título: | Métodos algebraicos para el estudio de redes bioquímicas |
| Título alternativo: | Algebraic methods for the study of biochemical networks |
| Autor: | Pérez Millán, Mercedes Soledad |
| Editor: | Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales |
| Lugar de trabajo: | Departamento de Matemática
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| Publicación en la Web: | 2012-09-14 |
| Fecha de defensa: | 2011 |
| Fecha en portada: | 2011 |
| Grado Obtenido: | Doctorado |
| Título Obtenido: | Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Ciencias Matemáticas |
| Departamento Docente: | Departamento de Matemáticas |
| Director: | Dickenstein, Alicia Marcela |
| Jurado: | Laubenbacher, Reinhard; Matera, Guillermo; Pacharoni, María Inés |
| Idioma: | Inglés |
| Palabras clave: | REDES DE REACCIONES QUIMICAS; CINETICA DE ACCION DE MASAS; SISTEMAS POLINOMIALES; MODELADO DISCRETO; ALGEBRA COMPUTACIONALCHEMICAL REACTION NETWORKS; MAS-ACTION KINETICS; POLYNOMIAL SYSTEMS; DISCRETE MODELING; COMPUTATIONAL ALGEBRA |
| Tema: | matemática/álgebra
matemática/matemática aplicada
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| Formato: | PDF |
| Handle: |
http://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5103_PerezMillan |
| PDF: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/tesis/tesis_n5103_PerezMillan.pdf |
| Registro: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/tesis/document/tesis_n5103_PerezMillan |
| Ubicación: | MAT 005103 |
| Derechos de Acceso: | Esta obra puede ser leída, grabada y utilizada con fines de estudio, investigación y docencia. Es necesario el reconocimiento de autoría mediante la cita correspondiente. Pérez Millán, Mercedes Soledad. (2011). Métodos algebraicos para el estudio de redes bioquímicas. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales). Recuperado de http://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5103_PerezMillan |
Resumen:
El principal objetivo de este trabajo es aplicar y desarrollar herramientas de álgebra (computacional) para estudiar redes bioquímicas. Empezamos encontrando invariantes que se satisfacen en los estados de equilibrio. Luego estudiamos sistemas cuyos estados de equilibrio se describen por binomios y los llamamos “sistemas con estados de equilibrio teóricos”. Mostramos que el importante mecanismo enzimático de fosforilaciones secuenciales distributivas tiene esta característica. Después establecemos la relación, en el espacio de las constantes de reacción, entre sistemas con “complejos balanceados” y sistemas con microrreversibilidad, cuyos estados de equilibrio positivos satisfacen relaciones binomiales particulares. Finalizamos este enfoque continuo incorporando resultados computacionales para estados de equilibrio positivos desde la persectiva de la geometría algebraica real. Finalmente, presentamos un modelo discreto del módulo de regulación del factor nuclear NF-κB, por medio de un sistema polinomial dinámico discreto. Este enfoque permite estudiar redes cuya información disponible es poco detallada, con la idea de proveer una primera descripción de las interacciones de la red a través de métodos de álgebra computacional.
Abstract:
The main goal of this work is to apply and develop (computational) algebraic tools for the study of biochemical networks. We start by finding invariants that are satisfied at steady state. We then study systems whose steady states are described by binomials, and call them “systems with toric steady states”. We show that the important enzymatic mechanism of sequential and distributive phosphorylations has this feature. Afterwards, we state the relationship, in rate constant space, between “complex balanced” and “detailed balanced” systems, whose positive steady states satisfy special binomial relations. We end this continuous approach by expanding on computational results for positive steady states from a real algebraic geometry perspective. Finally, we present a discrete model for the NF-κB regulatory module, by means of a discrete polynomial dynamical system. This approach allows to study networks with poorly detailed data available, with the idea of providing a first description of the interactions of the network through computational algebra methods.
Citación:
---------- APA ----------
Pérez Millán, Mercedes Soledad. (2011). Métodos algebraicos para el estudio de redes bioquímicas. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5103_PerezMillan
---------- CHICAGO ----------
Pérez Millán, Mercedes Soledad. "Métodos algebraicos para el estudio de redes bioquímicas". Tesis Doctoral, Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2011.https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n5103_PerezMillan
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