Estudio bioinformático, bioquímico y estructural de la subunidad regulatoria de la proteína quinasa dependiente de cAMP en modelos fúngicos

Rinaldi, Jimena Julieta

Registro:

Documento:	Tesis Doctoral
Título:	Estudio bioinformático, bioquímico y estructural de la subunidad regulatoria de la proteína quinasa dependiente de cAMP en modelos fúngicos
Título alternativo:	Bioinformatic, biochemical and structural analisis of regulatory subunit of cAMP protein kinase in fungal models
Autor:	Rinaldi, Jimena Julieta
Editor:	Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales
Fecha de defensa:	2009
Fecha en portada:	2009
Grado Obtenido:	Doctorado
Título Obtenido:	Doctor de la Universidad de Buenos Aires en el área de Química Biológica
Departamento Docente:	Departamento de Química Biológica
Director:	Moreno de Colonna, Silvia Margarita
Director Asistente:	Rossi, Silvia Graciela
Idioma:	Español
Palabras clave:	CAMP; PROTEINA QUINASA A; HONGOS; CINETICA ENZIMATICA; CRISTALOGRAFIA DE RAYOS XCAMP; PROTEIN KINASE A; FUNGI; ENZYME KINETICS; X-RAY CRYSTALOGRAPHY
Formato:	PDF
Handle:	https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n4433_Rinaldi
PDF:	https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/tesis/tesis_n4433_Rinaldi.pdf
Registro:	https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/tesis/document/tesis_n4433_Rinaldi
Ubicación:	QUI 004433
Derechos de Acceso:	Esta obra puede ser leída, grabada y utilizada con fines de estudio, investigación y docencia. Es necesario el reconocimiento de autoría mediante la cita correspondiente. Rinaldi, Jimena Julieta. (2009). Estudio bioinformático, bioquímico y estructural de la subunidad regulatoria de la proteína quinasa dependiente de cAMP en modelos fúngicos. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n4433_Rinaldi

Resumen:

La proteína quinasa dependiente de cAMP (PKA) ha sido ampliamente estudiada en modelos de mamíferos. Es un tetrámero compuesto por un dímero de subunidades regulatorias (R) y dos subunidades catalíticas (C). La subunidad R tiene una estructura modular: un dominio dedimerización y anclaje (D/D) en el extremo N-terminal, a través del cual las subunidades R se unen entre sí y a proteínas de anclaje llamadas AKAPs; dos dominios en tandem de unión a cAMP en elextremo C-terminal (CNB) y una zona bisagra flexible uniendo estas dos regiones estructuradas. La zona bisagra contiene el sitio inhibitorio (IS) que se une al sitio activo de la subunidad C impidiendola fosforilación de los sustratos. Esta tesis está concentrada en el estudio bioinformático, bioquímico y estructural de la subunidad R en hongos. Los modelos experimentales utilizados son la levadura Saccharomyces cerevisiae y dos especies de hongos filamentosos del género Mucor. Los principales logros son los siguientes. A diferencia de los dominios CNB, los dominios D/D no están presentes en todas las subunidades R de hongos. El extremo N-terminal de la subunidad R de S.cerevisiae (Bcy1) es responsable de la dimerización y es capaz de unirse a la D-AKAP2. La región N-terminal al IS de la zona bisagra participa en la interacción R-C y determina la velocidad de transferencia de fosfato en la reacción de fosforilación. Los dominios CNB de Bcy1, resueltos por cristalografía de rayos x, tienen unaarquitectura general similar a las subunidades R de mamíferos, mientras que la orientación relativa y la superficie de contacto entre ambos dominios son diferentes.

Abstract:

cAMP-dependent protein kinase (PKA) has been thoroughly studied in mammalian systems. It is a heterotetramer composed of a regulatory subunit dimer (R) and two catalytic subunits (C). The modular R subunit consists of a dimerization and docking domain (D/D) at the N-terminus and twotandem cAMP-binding domains (CNB) at the C-terminus, jointed by a flexible linker or hinge, which includes a substrate-like inhibitory site (IS) that docks to the active site cleft of the C subunit in theabsence of cAMP. The D/D domain not only maintains the protomer as a dimer, but also provides an anchoring surface on which the AKAPs (A kinase anchoring proteins) dock. This thesis is focused on the bioinformatic, biochemical and structural study of R subunits in fungi. The experimental models used are the yeast Saccharomyces cerevisiae and two species of filamentous fungi from the genre Mucor. The principal findings are the following. Unlike de CNB domains, the D/D are not present in all the fungal R subunits. The N-terminus of the R subunit from S.cerevisiae (Bcy1) is responsible for the dimerization and capable of binding to D-AKAP2. The region N-terminal to the IS in the linker participates in the R-C interaction and determines the phosphate transfer rate in the phosphorylation reaction. The CNB domains of Bcy1, resolved by X-ray crystallography have an overall structure similar to the mammalian R subunits, while the relative orientation and contact surface between the two domains are different.

Citación:

---------- APA ----------

Rinaldi, Jimena Julieta. (2009). Estudio bioinformático, bioquímico y estructural de la subunidad regulatoria de la proteína quinasa dependiente de cAMP en modelos fúngicos. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n4433_Rinaldi

---------- CHICAGO ----------

Rinaldi, Jimena Julieta. "Estudio bioinformático, bioquímico y estructural de la subunidad regulatoria de la proteína quinasa dependiente de cAMP en modelos fúngicos". Tesis Doctoral, Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2009.https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n4433_Rinaldi

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