Registro:
| Documento: | Tesis Doctoral |
| Disciplina: | biologia |
| Título: | Estudios moleculares del gen 11 de rotavirus |
| Título alternativo: | Molecular studies of Rotavirus Gene 11 |
| Autor: | Giambiagi, Susana |
| Editor: | Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales |
| Filiación: | Fundación Campomar. Instituto de Investigaciones Bioquímicas (IIB)
|
| Publicación en la Web: | 2017-03-01 |
| Fecha de defensa: | 2001 |
| Fecha en portada: | 2001 |
| Grado Obtenido: | Doctorado |
| Título Obtenido: | Doctor en Ciencias Biológicas |
| Director: | Burrone, Oscar |
| Director Asistente: | Frasch, Alberto Carlos C. |
| Idioma: | Español |
| Formato: | PDF |
| Handle: |
http://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n3391_Giambiagi |
| PDF: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/tesis/tesis_n3391_Giambiagi.pdf |
| Registro: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/tesis/document/tesis_n3391_Giambiagi |
| Ubicación: | Dep.BIO 003391 |
| Derechos de Acceso: | Esta obra puede ser leída, grabada y utilizada con fines de estudio, investigación y docencia. Es necesario el reconocimiento de autoría mediante la cita correspondiente. Giambiagi, Susana. (2001). Estudios moleculares del gen 11 de rotavirus. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de http://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n3391_Giambiagi |
Resumen:
Los mecanismos de variación y evolución en los rotavirus comprenden no sólo lasmutaciones puntuales introducidas por la RNA polimerasa durante la replicación y lareasociación de segmentos virales durante infecciones mixtas, sino también losreordenamientos que se producen dentro de cada segmento genómico. Estos reordenamientosno afectan la estructura conservada de los segmentos genómicos (extremos 5' y 3'conservados), y esta estructura se supone relacionada con la capacidad de replicación yempaquetamiento del genoma viral en nuevas partículas virales. Con el objetivo de estudiar los mecanismos de reordenamiento genómicos en rotavirus seanalizó la estructura molecular del segmento genómico 11 reordenado de distintos rotavirushumanos de "electroferotipo corto", aislados de niños infectados. De acuerdo a los resultadosobtenidos, el segmento 11 reordenado de los aislamientos virales analizados tiene unainserción de 148 nucleótidos en la región 3' no traducida del segmento viral. Las secuenciasobtenidas de los segmentos 11 de los distintos aislamientos virales analizados fueronaltamente homólogas entre sí y con las secuencias de los segmentos 11 de otras dos cepas derotavirus humanos decriptas previamente: RVS y DS-1. La inserción no afecta la regióncodificante del gen 11, ni la secuencia y localización de la región 3' no codificante, común atodos los segmentos 11 de los rotavirus tipo A. La secuencia de la inserción, rica en A y T,no presenta homología con el segmento 11 normal ni con otros segmentos virales. Losresultados obtenidos permitieron identificar y estudiar un nuevo mecanismo dereordenamiento genómico en rotavirus, en el cual no hay una duplicación parcial delsegmento genómico. Un segundo objetivo de la tesis consistió en el desarrollo de un sistema que permita obtenerrotavirus recombinantes. Se estudiaron las secuencias requeridas para que un ARN seareconocido por la maquinaria viral y sea replicado y empaquetado en nuevas partículasvirales. Para estudiar las secuencias involucradas en el reconocimiento del ARN viral por lapolimerasa viral hemos construído un plásmido recombinante que al ser transcripto produceun ARN que contiene las secuencias 5' y 3' no traducidas del segmento 11 viral, flaqueandola región codificante del gen CAT. Este ARN es amplificado cuando es transfectado en elcitoplasma de células infectadas con rotavirus. De acuerdo a los resultados obtenidos, lasseñales involucradas en el reconocimiento del ARN por la polimerasa viral con actividadreplicasa están localizadas en el extremo 3' no codificante. La polimerasa requiere para iniciarla síntesis de la cadena - del segmento 11, no sólo la secuencia consenso 3', común a todoslos segmentos virales, sino también la formación de una estructura de horquilla dejando unextremo 3' libre de 18 nucleótidos que incluyen la secuencia consenso terminal. Aunque la metodología propuesta ha permitido desarrollar un método valioso para el análisisde las secuencias de RNA capaces de ser reconocidas por el complejo de replicación viral, lamisma no resultó satisfactoria para la obtención de partículas virales recombinantes. Esposible que existan otras señales importantes para el empaquetamiento que probablemente selocalicen en la región codificante del segmento 11, y por lo tanto que están ausentes ennuestra construcción.
Abstract:
The mechanisms of genome variation and evolution in rotavirus, involve not only themutations introduced by RNA polymerase during replication and the reassociation ofgenomic segments during infection, but also the rearrangement of genomic segments. Therearrangements don't modify the conserved structure of the genomic segments (conserved 5'and 3' ends), and this structure is supposed to be related with the replication and packagingof the viral genome. The first objective of this thesis was to study the genomic rearrangement mechanism inrotavirus. We have studied the molecular structure of the rearranged genomic segment 11 ofdifferent virus isolated from infected children. According to the results, the rearrangedsegments 11 of the viral isolates have an insertion of 148 nt in the 3' untranslated region. Thesequences in all 6 isolates were highly conserved among them, and with those of humanstrains DS-1 and RVS. The insertion does neither affect the gene 11 coding region nor thesequence and localization of the 3' non coding region, conserved in all the 11 segments ofrotavirus group A. The sequence of the insertion, A + T rich, has no clear resemblance withthe normal gene 11 sequence nor with other viral segments. The results obtained haveallowed identifying and studying a new mechanism of genomic rearrangement in rotavirus, inwhich partial duplication of genomic segment is not involved. The second objective was to develop a system for obtaining recombinant rotaviruses. Wehave developed an assay to study the RNA cis-acting signals that promote the synthesis ofdsRNA. We have constructed a recombinant plasmid that transcribed with T3 polymeraseyields a positive sense RNA containing the rotavirus gene 11 5' and 3' untranslated regions,flanking the coding region of CAT reporter gene. This RNA is amplified when transfectedinto the cytoplasm of rotavirus infected cells. The results obtained in the study of 3' mutant RNAs have shown that the cis-acting signals to promote the synthesis of dsRNA involved,not only the 3' consensus sequence, but also a "stem-loop" structure and a single strand 3'end of 18 nt that include the 3' conserved termini. We couldn't obtain recombinant rotavirususing this methodology. It is possible that the packaging signals are not located in the 5' or 3'untranslated region of segment 11, but into the coding region, absent in the RNAs we havestudied.
Citación:
---------- APA ----------
Giambiagi, Susana. (2001). Estudios moleculares del gen 11 de rotavirus. (Tesis Doctoral. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n3391_Giambiagi
---------- CHICAGO ----------
Giambiagi, Susana. "Estudios moleculares del gen 11 de rotavirus". Tesis Doctoral, Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2001.https://hdl.handle.net/20.500.12110/tesis_n3391_Giambiagi
Estadísticas:
Descargas totales desde :
Descargas mensuales
https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/tesis/tesis_n3391_Giambiagi.pdf
