Registro:
| Documento: | Tesis de Grado |
| Título: | Inferencia de Interacciones Proteína-Proteína basadas en Interacciones de Dominios |
| Autor: | Coustau, Hugo Iván; Villarino, Diego Sebastián |
| Editor: | Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales |
| Publicación en la web: | 2025-06-12 |
| Fecha de defensa: | 2004 |
| Fecha en portada: | 2004 |
| Grado Obtenido: | Grado |
| Título Obtenido: | Licenciado en Ciencias de la Computación |
| Departamento Docente: | Departamento de Computación |
| Director: | Levin, Mariano Jorge; Vázquez, Martín Pablo |
| Director Asistente: | Loiseau, Irene |
| Idioma: | Español |
| Formato: | PDF |
| Handle: |
http://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nCOM000782_Coustau |
| PDF: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/seminario/seminario_nCOM000782_Coustau.pdf |
| Registro: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/seminario/document/seminario_nCOM000782_Coustau |
| Ubicación: | Dep.COM 000782 |
| Derechos de Acceso: | Esta obra puede ser leída, grabada y utilizada con fines de estudio, investigación y docencia. Es necesario el reconocimiento de autoría mediante la cita correspondiente. Coustau, Hugo Iván; Villarino, Diego Sebastián. (2004). Inferencia de Interacciones Proteína-Proteína basadas en Interacciones de Dominios. (Tesis de Grado. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de http://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nCOM000782_Coustau |
Resumen:
Dentro de los avances en la Biología Molecular se halla la posibilidad de secuenciar genomas de distintos organismos. Esto permite a los biólogos enfocar sus investigaciones en cuestiones más complejas que el estudio de genes individuales. Uno de los nuevos desafíos es conocer cómo interactúan las proteínas entre sí para comprender cómo se desarrollan los procesos biológicos. Conocer las interacciones de proteínas de un organismo nos permite definir una "Red de Interacciones". Los biólogos trabajan sobre estas redes para, por ejemplo, desarrollar nuevos medicamentos interfiriendo en una interacción para impedir el desarrollo de una enfermedad. La importancia de conocer nuevas interacciones de proteínas y lo dificultoso de obtenerlas en forma experimental, ya sea por su costo como por su complejidad, motiva a los biólogos a buscar formas alternativas de determinarlas. Una de estas formas es inferir interacciones de proteínas en un determinado organismo en base a las interacciones ya conocidas en otro. Este método se basa en que algunas interacciones se mantienen entre proteínas de diferentes organismos. Por tratarse de inferencias, estas se deberán verificarse en el laboratorio en forma experimental, pero gracias a este procedimiento la búsqueda de interacciones está guiada y permite reducir el número de experimentos a realizar. Los términos “dominio conservado”, “dominio” o “motivo” se utilizan para definir una región de la secuencia de aminoácidos de una proteína que puede ser identificada en otra a pesar de la falta de similitud global entre ellas. Estas regiones son de especial interés, ya que pueden determinar una función de esa región de la proteína. Estos dominios se utilizan para definir familias de proteínas que comparten el mismo motivo y por lo tanto pueden cumplir la misma función. Una proteína puede contener uno o más dominios y/o repeticiones del mismo. Las interacciones entre proteínas suelen darse entre los dominios que la componen, y pueden estar involucrados más de un dominio al mismo tiempo. Este trabajo comenzó luego de reuniones mantenidas con el equipo de biólogos del INGEBI dedicados a la investigación del Tripanosoma cruzi (Parásito que causa el Mal de Chagas), quienes estudian interacciones proteína-proteína. Para apoyarlos en sus investigaciones se desarrolló una herramienta que permite inferir interacciones de proteínas a partir de las interacciones ya conocidas de otro organismo. La predicción de estas interacciones se realizará basándonos en interacciones de dominios.
Abstract:
Advances in Molecular Biology allow to obtain the genome of many organisms. As a result, biologists can focus theirs investigations on the study of complete genomes instead of individual genes. Nowadays, one of the goals in biology is to understand how proteins interact between each other, in order to understand how biological processes occur. Knowing the interactions of an organism, we can define an “Interaction Network”. These networks can help scientists to develop new drugs. This is done by breaking up an interaction to restrict the evolution of a disease. The importance of finding new interactions related to the difficulties to obtain them and the high cost of the experiments give rise to find alternative ways to determinate them. One possibility is to infer new protein interactions based on known interactions of another organism. This method is based on the fact that the same interactions are preserved across different organisms. Inferences must be confirmed in the laboratory performing experiments, but thanks to this kind of methods, the search of new interactions is driven reducing the number of required experiments. The terms “Conserved Domain”, “Domain” or “Motif” are used to define a region of the protein’s amino acid sequence that can be identified in another protein despite the lack of global similarity between them. These regions are very important because they may define a function on a specific region. Domains can be used to define protein families that share the same function. A protein may contain one or more domains, and a domain may be present more than once. Protein interactions occur between the domains of the proteins. This work begun after several meetings maintained with Trypanosome cruzi (Chagas disease parasite) biologist research team at INGEBI which are researching protein-protein interactions. In order to collaborate with their research, we developed an application to infer protein interactions based on already known interactions in another organism. New interactions will be inferred based on domain interactions.
Citación:
---------- APA ----------
Coustau, Hugo Iván; Villarino, Diego Sebastián. (2004). Inferencia de Interacciones Proteína-Proteína basadas en Interacciones de Dominios. (Tesis de Grado. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nCOM000782_Coustau
---------- CHICAGO ----------
Coustau, Hugo Iván; Villarino, Diego Sebastián. "Inferencia de Interacciones Proteína-Proteína basadas en Interacciones de Dominios". Tesis de Grado, Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2004.https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nCOM000782_Coustau
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