Registro:
| Documento: | Tesis de Grado |
| Título: | Caracterización metagenómica de extremófilos y sus fagos en el sistema Volcán Copahue - Río Agrio |
| Título alternativo: | Metagenomic characterisation of extremophiles and their phages in the Volcán Copahue - Río Agrio system |
| Autor: | Barbieri Oliveri, Lucas |
| Editor: | Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales |
| Lugar de trabajo: | CONICET. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres" (INGEBI)
|
| Publicación en la web: | 2025-06-12 |
| Fecha de defensa: | 2024-03-06 |
| Fecha en portada: | Marzo 2024 |
| Grado Obtenido: | Grado |
| Título Obtenido: | Licenciado en Ciencias Biológicas |
| Departamento Docente: | Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular |
| Director: | Guerrero, Leandro Demián |
| Jurado: | Ibarbalz, Federico Matías; Urbieta, María Sofía; Fernández Do Porto, Darío Augusto |
| Idioma: | Español |
| Formato: | PDF |
| Handle: |
http://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001690_BarbieriOliveri |
| PDF: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/seminario/seminario_nBIO001690_BarbieriOliveri.pdf |
| Registro: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/seminario/document/seminario_nBIO001690_BarbieriOliveri |
| Ubicación: | Dep.BIO 001690 |
| Derechos de Acceso: | Esta obra puede ser leída, grabada y utilizada con fines de estudio, investigación y docencia. Es necesario el reconocimiento de autoría mediante la cita correspondiente. Barbieri Oliveri, Lucas. (2024). Caracterización metagenómica de extremófilos y sus fagos en el sistema Volcán Copahue - Río Agrio. (Tesis de Grado. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de http://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001690_BarbieriOliveri |
Resumen:
El Sistema Geotermal Copahue, regido por el todavía activo Volcán Copahue en la provincia de Neuquén, representa uno de los ambientes más extremos de la Patagonia Argentina. El objetivo de este estudio consiste en estudiar la comunidad microbiana del sistema y analizar las interacciones entre procariotas y los virus que los infectan. Durante el trabajo, buscamos recuperar Genomas Ensamblados desde Metagenomas (MAGs, por sus siglas en inglés) y reconstruir arreglos CRISPR. Los CRISPR son sistemas de inmunidad adquirida, que están presentes en la mayoría de los procariotas y sirven como defensa contra ADN foráneo. Están compuestos por sucesiones de secuencias repetitivas (DRs) espaciadas por secuencias únicas (spacers), que son obtenidas a partir de elementos genéticos móviles que invaden el citoplasma del procariota. Usando la información contenida en los spacers de aquellos arreglos CRISPR que pudimos asociar a MAGs recuperados, identificamos en los metagenomas de las muestras contigs potencialmente provenientes de virus. Luego, analizamos esos contigs con herramientas de identificación y caracterización de fagos. Logramos reconstruir 17 arreglos CRISPR, que permitieron conectar 182 contigs virales con 19 MAGs diferentes.
Abstract:
The Copahue Geothermal System, supported by the still active Copahue Volcano in the province of Neuquén, is one of the most extreme environments in the Argentinian Patagonia. The objective of this research project was to study the microbial community of the system and analyse the interaction between prokaryotes and the viruses that infect them. In our work, we sought to recover Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) and reconstruct CRISPR arrays. CRISPR arrays are systems of acquired immunity that are present in most prokaryotes and work as a defence mechanism against alien DNA. They are made up of chains of repetitive sequences (DRs) interspaced by unique sequences (spacers), that are obtained from the mobile genetic elements that invade the prokaryote’s cytoplasm. Using the information contained in the spacers of those CRISPR arrays we could link to recovered MAGs, we identified potentially viral contigs present in the metagenomes. Then, we analysed said contigs with phage annotation and characterisation tools. In the end, 17 CRISPR arrays were reconstructed, which connected 182 viral contigs to 19 different MAGs.
Citación:
---------- APA ----------
Barbieri Oliveri, Lucas. (2024). Caracterización metagenómica de extremófilos y sus fagos en el sistema Volcán Copahue - Río Agrio. (Tesis de Grado. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001690_BarbieriOliveri
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Barbieri Oliveri, Lucas. "Caracterización metagenómica de extremófilos y sus fagos en el sistema Volcán Copahue - Río Agrio". Tesis de Grado, Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2024.https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001690_BarbieriOliveri
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