Se estudia la hidratación de la proflavina doblemente protonada (C13N3H13) en solución mediante dinámica molecular clásica. Se utiliza el paquete de simulación GROMACS. La topología de las moléculas se basa en el campo de fuerzas Amber99, y como solvente se usa el agua SPC/E. Se analiza el comportamiento de la proflavina mediante el estudio de las funciones de distribución radial, establecimiento de puentes de hidrógeno entre átomos de la proflavina y aguas que la rodean, y distribuciones de frecuencia de ocurrencia de puentes de hidrógeno en el agua. Se halla que los grupos amino estructuran el agua que los rodean formando frecuentemente puentes de hidrógeno, mientras que esta estructura se adapta a la del solvente. La estructura aproximadamente tetraédrica del agua es afectada por la presencia de la proflavina en la primer capa de hidratación (0,25 nm) y en dos regiones del solvente de 0,15 nm de espesor que rodean a la proflavina por encima y por debajo del plano de los anillos, donde la frecuencia de ocurrencia de 4 puentes de hidrógeno disminuye entre un 25 % y un 50 %.
The hydration of a doubly protonated proflavine (C13N3H13) in solution is studied by classical molecular dynamics. The GROMACS simulation package is used. The topology of the molecules is based on the Amber99 force field, and SPC/E water model is used as solvent. The proflavine behavior is analyzed by the study of the functions of radial distribution, the establishment of hydrogen bonds between proflavine atoms and surrounding water molecules, and the distributions of frequency of occurrence of hydrogen bonds in water. It is found that the amino groups structure the water that surround them often forming hydrogen bonds, whereas this structure is adapted to that of the solvent. The approximately tetrahedral structure of the water is affected by the presence of proflavine in the first hydration layer (0.25nm) and in two region of the solvent with 0.15 nm of thickness surrounding the proflavine above and below the plane of the rings, where the frequency of occurrence of 4 hydrogen bonds decreases between 25% and 50 %
| Título: | Estudio por dinámica molecular de la hidratación de la proflavina en solución |
| Título alt: | Study for molecular dynamics of proflavin hydrationin solution |
| Autor: | Campo, Mario Guillermo; Corral, Griselda Mónica |
| Fecha: | 2017 |
| Título revista: | Anales AFA |
| Editor: | Asociación Física Argentina |
| Handle: | http://hdl.handle.net/20.500.12110/afa_v28_n03_p076 |
| Ciudad: | Villa Martelli, Buenos Aires |
| Idioma: | Español |
| Palabras clave: | PROFLAVINA; DINAMICA MOLECULAR; PUENTES DE HIDROGENO; HIDRATACION |
| Keywords: | PROFLAVINE; MOLECULAR DYNAMICS; HYDROGEN BONDS; HYDRATION |
| Año: | 2017 |
| Volumen: | 28 |
| Número: | 03 |
| DOI: | https://doi.org/10.31527/analesafa.2018.28.3.76 |
| Título revista abreviado: | An. (Asoc. Fís. Argent., En línea) |
| ISSN: | 1850-1168 |
| Formato: | |
| PDF: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/afa/afa_v28_n03_p076.pdf |
| Registro: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/afa/document/afa_v28_n03_p076 |
