Registro:
| Documento: | Tesis de Grado |
| Título: | El proceso de splicing como fuente de diversidad transcriptómica y proteómica frente a infección viral : el caso de la quinasa CLK1 y su aplicación en estrategias anti-virales |
| Título alternativo: | The splicing process as a source of transcriptomic and proteomic diversity upon viral infection : the case of CLK1 kinase and its application in antiviral strategies |
| Autor: | Lucero, Agustina Magalí |
| Editor: | Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales |
| Lugar de trabajo: | Universidad de Buenos Aires - CONICET. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias (IFIBYNE)
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| Fecha de defensa: | 2025-08-04 |
| Grado Obtenido: | Grado |
| Título Obtenido: | Licenciado en Ciencias Biológicas |
| Departamento Docente: | Departamento de Fisiología, Biología Molecular y Celular |
| Director: | Pozzi, María Berta |
| Director Asistente: | Olszanowski, Evelyn |
| Jurado: | Almejún, María Belén; Godoy Herz, Micaela Amalia; Tognacca, Rocío Soledad |
| Idioma: | Español |
| Palabras clave: | SPLICING; RESPUESTA INMUNE INNATA; CLK1; DENGUE; INTERFERONSPLICING; INNATE IMMUNE; RESPONSE; CLK1; DENGUE; INTERFERON |
| Formato: | PDF |
| Handle: |
https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001881_Lucero |
| PDF: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/download/seminario/seminario_nBIO001881_Lucero.pdf |
| Registro: | https://bibliotecadigital.exactas.uba.ar/collection/seminario/document/seminario_nBIO001881_Lucero |
| Ubicación: | Dep.BIO 001881 |
| Derechos de Acceso: | Esta obra puede ser leída, grabada y utilizada con fines de estudio, investigación y docencia. Es necesario el reconocimiento de autoría mediante la cita correspondiente. Lucero, Agustina Magalí. (2025). El proceso de splicing como fuente de diversidad transcriptómica y proteómica frente a infección viral : el caso de la quinasa CLK1 y su aplicación en estrategias anti-virales. (Tesis de Grado. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001881_Lucero |
Resumen:
Al día de hoy, diversos estudios de nuestro y otros laboratorios han reportado alteraciones en el proceso de splicing por infección viral, las cuales resultan de la combinación del impacto del virus sobre la maquinaria de splicing propiamente dicha con eventos que ocurren en la célula infectada, entre ellos la respuesta inmune innata (Pozzi et al., 2020; De Maio et al., 2016). En este trabajo, evaluamos cambios en los patrones de splicing compartidos entre la infección con el virus del dengue y tratamiento con interferón de células en cultivo, siendo esto último una manera de activar la respuesta inmune innata en ausencia de virus. Entre los eventos compartidos, identificamos un aumento de isoformas de ARNm no codificantes provenientes del gen CLK1, que codifica para una quinasa de factores de splicing, entre ellos proteínas SR y la proteína spliceosomal U1-70K. Estas proteínas están involucradas en la regulación del proceso de splicing y su fosforilación por CLK1 afecta su reclutamiento a los speckles nucleares, reservorios dinámicos de factores de splicing que modulan la producción de isoformas de ARNm y consecuentemente la diversidad proteica (Aubol et. al, 2021). Luego de constatar la disminución de los niveles proteicos de CLK1 al tratar células en cultivo con interferón, nos propusimos analizar la inducción de genes de respuesta inmune en líneas estables donde los niveles de CLK1 fueron modulados mediante el sistema dCas9-KRAB/VP64. Observamos que la expresión de genes de respuesta inmune aumenta al silenciar CLK1, mientras que lo contrario ocurre al sobre-expresarla. También, analizamos la inducción de estos genes en presencia de TG003, inhibidor de la actividad quinasa de CLK1, y observamos que la inducción por tratamiento con interferón se exacerbaba. Por otro lado, medimos la replicación viral en presencia de TG003 en células infectadas con dengue. Notamos una disminución significativa de la carga viral, constatando que la modulación de los genes de respuesta a interferón por CLK1 puede tener un efecto anti-viral.
Abstract:
Several studies by ours and other laboratories have reported alterations in the splicing process upon viral infection, which result from a combination of the virus' impact on the splicing machinery itself and events occurring in the infected cell, including the innate immune response (Pozzi et al., 2020; De Maio et al., 2016). We evaluated changes in splicing patterns shared between infection with dengue virus and interferon treatment of cultured cells—the latter being a way to activate the innate immune response in the absence of viral infection. Among the shared events, we identified an increase in non-coding mRNA isoforms derived from the CLK1 gene, which encodes for a kinase that phosphorylates splicing factors, including SR proteins and the spliceosomal protein U1-70K. These proteins are involved in the regulation of the splicing process, and their phosphorylation by CLK1 affects their recruitment to nuclear speckles, dynamic reservoirs of splicing factors that modulate mRNA isoform production and consequently protein diversity (Aubol et al., 2021). After confirming a reduction in CLK1 protein levels following interferon treatment of cultured cells, we set out to analyze the induction of immune response genes in stable cell lines in which CLK1 levels were modulated using the dCas9-KRAB/VP64 system. We observed that the induction of immune response genes increased upon CLK1 silencing, whereas the opposite effect was observed with CLK1 overexpression. We also analyzed the induction of these genes in the presence of TG003, a CLK1 kinase activity inhibitor, and found that interferon-induced expression was further enhanced. Furthermore, we measured viral replication in TG003-treated, dengue-infected cells. We observed a significant reduction in viral load, confirming that modulation of interferon response genes by CLK1 can have an antiviral effect.
Citación:
---------- APA ----------
Lucero, Agustina Magalí. (2025). El proceso de splicing como fuente de diversidad transcriptómica y proteómica frente a infección viral : el caso de la quinasa CLK1 y su aplicación en estrategias anti-virales. (Tesis de Grado. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales.). Recuperado de https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001881_Lucero
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Lucero, Agustina Magalí. "El proceso de splicing como fuente de diversidad transcriptómica y proteómica frente a infección viral : el caso de la quinasa CLK1 y su aplicación en estrategias anti-virales". Tesis de Grado, Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, 2025.https://hdl.handle.net/20.500.12110/seminario_nBIO001881_Lucero
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